ВЫБОР ПОДХОДА ПРИ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОЧВЕННЫХ КОККОИДНЫХ ЗЕЛЕНЫХ МИКРОВОДОРОСЛЕЙ (TREBOUXIOPHYCEAE, CHLOROPHYTA)
https://doi.org/10.19047/0136-1694-2018-93-105-120
Аннотация
Описываются морфологический и молекулярно-генетический подходы, использованные при идентификации зеленых микроводорослей класса Trebouxiophyceae из коллекции ACSSI. В бурой полупустынной и каштановой почвах были обнаружены водоросли Muriella terrestris, в погребенной лугово-каштановой почве – Edaphochlorella mirabilis. Еще 3 штамма являются новыми неописанными таксонами: ACSSI 014 – новый вид рода Watanabea, изолированный из серой лесной почвы и имеющий пиреноид с крахмальной обверткой в отличии от типового вида, и ACSSI 104 и 144 – Nannochloris-подобный род, представители которого найдены в солонце и каштановой почве и обладают скудными морфологическими признаками. Показано, что ни один критерий в отдельности: морфологический или иной признак, вычисление генетических дистанций, анализ и сравнение вторичной структуры ITS2, поиск компенсаторных замен и молекулярных подписей – не позволяет надежно классифицировать таксоны. В связи с чем необходимо использовать полифазный подход в систематике водорослей, особенно при идентификации таксонов с простой клеточной морфо-логией, которые часто встречаются в почвах.
Об авторах
А. Д. Темралеева
Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН
Россия
Россия
Россия, 142290 Пущино, ул. Институтская, 2
* http://orcid.org/0000-0002-3445-0507 е-mail: temraleeva.anna@gmail.com
С. В. Москаленко
Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН
Россия
Россия, 142290 Пущино, ул. Институтская, 2
Россия
Россия, 142290 Пущино, ул. Институтская, 2
Е. А. Портная
Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН
Россия
Россия, 142290 Пущино, ул. Институтская, 2
Россия
Россия, 142290 Пущино, ул. Институтская, 2
Список литературы
1. Андреева В.М. Почвенные и аэрофильные зеленые водоросли (Chlorophyta: Tetrasporales, Chlorococcales, Chlorosarcinales). СПб.: Наука, 1998. 351 с.
2. Голлербах М.М., Штина Э.А. Почвенные водоросли. Л.: Наука, 1969. 228 с.
3. Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора. Л.: Наука, 1991. 539 с.
4. Классификация и диагностика почв СССР. М.: Колос, 1977. 224 с.
5. Штина Э.А., Зенова Г.М., Манучарова Н.А. Альгологический мониторинг почв // Почвоведение. 1998. № 12. С.1449–1461.
6. Barcyte D., Hodac L., Nedbalová L. Lunachloris lukesovae gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel coccoid green alga isolated from soil in South Bohemia, Czech Republic // European J. of Phycology. 2017. V. 52. No. 3. P. 281–291
7. Buchheim M.A., Keller A., Koetschan C. et al. Internal transcribed spacer 2 (nu ITS2 rRNA) sequence-structure phylogenetics: to-wards an automated re-construction of the green algal tree of life // PLoS ONE. 2011. V. 6. No. 2. P. e16931.
8. Byun Y., Han K. PseudoViewer3: generating planar drawings of large-scale RNA structures with pseudoknots // Bioinformatics. 2009. V. 25. P. 1435–1437.
9. Caisová L., Marin B., Melkonian M. A Consensus Secondary Structure of ITS2 in the Chlorophyta Identified by Phylogenetic Reconstruction // Protist. 2013. V. 164. P. 482–496.
10. Coleman A.W. Paneukaryote ITS2 homologies revealed by RNA secondary structure // Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 3322–3329.
11. Darienko T., Gustavs L., Mudimu O., Menendez C.R., Schumann R., Karsten U., Friedl T., Proschold T. Chloroidium, a common terrestrial coccoid green alga previously assigned to Chlo-rella (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) // Eu-ropean J. of Phycology. 2010. V. 45. No. 1. P. 79–95.
12. Darienko T., Gustavs L., Pröschold T. Species concept and nomenclatural changes within the genera Elliptochloris and Pseudochlorella (Trebouxiophyceae) based on an integrative approach // J. Phycol. 2016. V. 52. P. 1125–1145. doi: 10.1111/jpy.12481
13. Fucíková K., Lewis P.O., Lewis L.A. Widespread desert affiliation of trebouxiophycean algae (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) including discovery of three new desert genera // Phycol. Res. 2014. V. 62. No. 4. P. 294-305.
14. Guiry M.D., Guiry G.M. AlgaeBase // World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway. 2018. URL: http://www.algaebase.org (searched on 19 March 2018)
15. Henley W.J., Hironaka J.L., Guillou L., Buchheim M.A., Buchheim J.A., Fawley M.W., Fawley K.P. Picochlorum oklahomensis gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) // Phycologia. 2004. V. 43. P. 641–652.
16. Katana A., Kwiatowski J., Spalik K., Zakryś B., Szalacha E., Szymańska H. Phylogenetic position of Koliella (Chlorophyta) as inferred from nuclear and chloroplast small subunit rDNA // J. Phycol. 2001. V. 37. No. 3. P. 443–451.
17. Keller A., Schleicher T., Förster F., Ruderisch B., Dandekar T., Müller T., Wolf M. ITS2 data corroborate a monophyletic chlorophycean DO-group (Sphaeropleales) // BMC Evol Biol. 2008. V. 8. P. 218. doi: 10.1186/1471-2148-8-218
18. Krienitz L., Bock C., Dadheech P.K., Proschold T. Taxonomic reassessment of the genus Mychonastes (Chlorophyceae, Chlorophyta) including the description of eight new species // Phycologia. 2011. V. 50. No. 1. P. 89–106.
19. Neustupa J., Nemcová Y., Eliéas M., Skaloud P. Kalinella bambusicola gen. etsp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel coccoid Chlorella-like subaerial alga from Southeast Asia // Phycological Research. 2009. V. 57. No. 3. P. 159–169.
20. Neustupa J., Nemcová Y., Veselá J., Steinová J., Skaloud P. Parachloroidium gen. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel genus of coccoid green algae from subaerial corticolous biofilms // Phycologia. 2013. V. 52. No. 5. P. 411–421.
21. Seibel P.N., Muller T., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. 4SALE – A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing // BMC Bioinformatics. 2006. V. 7. P. 498.
22. Somogyi B., Felfoldi T., Solymosi K., Makk J., Homonnay Z.G., Horváth G., Turcsi E., Boddi B., Márialigeti K., Voros L. Chloroparva pannonicagen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) – a new picoplanktonic green alga from a turbid, shallow soda pan // Phycologia. 2011. V. 50. No. 1. P. 1–10.
23. Song H.Y., Zhang Q., Liu G.X., Hu Z.Y. Polulichloris henanensis gen. et sp. nov. (Trebouxiophyceae, Chlorophyta), a novel subaerial coccoid green alga // Phytotaxa. 2015. V. 218. No. 2. P. 137–146.
24. Temraleeva A.D., Moskalenko S.V., El’tsov M.V., Vagapov I.M., Ovchinni-kov A.Yu., Gugalinskaya L.A., Alifanov V.M., Pinskii D.L. Stability and morphological and molecular-genetic identification of al-gae in buried soils // Eur-asian Soil Science. 2017. V. 50. No. 8. P. 952–960. doi: 10.1134/S1064229317080129
25. White T.J., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // PCR Protocols. San Diego: Acad. Press,1990. Pt. 3. P. 315–322.
26. Zhang J., Huss V.A.R., Sun X., Chang K., Pang D. Morphology and phylogenetic position of a trebouxiophycean green alga (Chlorophyta) growing on the rubber tree, Hevea brasiliensis, with the description of a new genus and species // European J. Phycology. 2008. V. 43. No. 2. P. 185–193.
Рецензия
Для цитирования:
Темралеева А.Д., Москаленко С.В., Портная Е.А. ВЫБОР ПОДХОДА ПРИ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОЧВЕННЫХ КОККОИДНЫХ ЗЕЛЕНЫХ МИКРОВОДОРОСЛЕЙ (TREBOUXIOPHYCEAE, CHLOROPHYTA). Бюллетень Почвенного института имени В.В. Докучаева. 2018;(93):105-120. https://doi.org/10.19047/0136-1694-2018-93-105-120
For citation:
Temraleeva A.D., Moskalenko S.V., Portnaya E.A. CHOOSING AN APPROACH FOR IDENTIFICATION OF SOIL COCCOID GREEN MICROALGAE (TREBOUXIOPHYCEAE, CHLOROPHYTA). Dokuchaev Soil Bulletin. 2018;(93):105-120. (In Russ.) https://doi.org/10.19047/0136-1694-2018-93-105-120
Просмотров: 492
Послать статью по эл. почте 
